Vor allem für die Einführung des Qualitätsmanagementsystems (QMS) oder die räumlichen Neuerungen sind Übergangsfristen vorgesehen: Zwei Jahre bleiben den Apothekern etwa, um sich um QMS zu kümmern, ebenso für die Abtrennung von Großhandelsräumen und die Einrichtung von Schleusen für Räume zum Verblistern und zur Herstellung von Parenteralia. Gleiches gilt für separate Räume für das Stellen und Verblistern; ein Jahr ist für die Einrichtung von Reinraumklassen vorgesehen.

Andere Regeln gelten ab sofort, etwa was Beratung, Botendienst, Personal, Rezeptur/Defektur, Literatur oder BTM-Vorräte angeht. Allerdings haben die Pharmazieräte bereits signalisiert, zumindest in den ersten Wochen mit Augenmaß an die Prüfung heranzugehen.

Mit der Verkündung geht eine zweijährige, teilweise hitzig geführte Debatte über die Neuausrichtung der ApBetrO zu Ende, die zuletzt in der Fassung von 1987 gegolten hatte. Der Bundesrat hatte die ApBetrO am 30. März mit Änderungen beschlossen, das Bundeskabinett hatte die Verordnung am 9. Mai durchgewinkt. Danach hätte die ApBetrO schon zum 1. Juni in Kraft treten können, musste aber wegen Korrekturen noch eine zusätzliche Schleife drehen.