Trimethoprim gehört zu den Antibiotika und besitzt bakteriostatische Eigenschaften, da der Wirkstoff die Dihydrofolatreduktase grampositiver und gramnegativer Keime blockiert. Die Hemmung des Folsäure-Stoffwechsels verhindert das Wachstum der Bakterien. Eine bakterizide Wirkung wird in Kombination mit Sulfamethoxazol erreicht. Die fixe Kombination der Wirkstoffe kommt bei Harnwegsinfekten, vor allem Blasenentzündungen der Frau, zum Einsatz und wird zweimal täglich nach dem Essen für drei bis fünf Tage eingenommen.

Im ersten Trimenon ist Trimethoprim jedoch kontraindiziert, da laut PRAC ein kausaler Zusammenhang zwischen der Anwendung von Trimethoprim und dem Auftreten angeborener Fehlbildungen – insbesondere Neuralrohrdefekte, Mundspalten und kardiovaskuläre Defekte – sowie Spontanaborten besteht. Zudem soll auf den vermuteten Wirkmechanismus im Sinne einer Interferenz von Trimethoprim mit Folaten und auf eine möglichst zu vermeidende Anwendung im zweiten und dritten Trimester hingewiesen werden.

Außerdem sollen die Produktinformationen Trimethoprim-haltiger Arzneimittel um neue Nebenwirkungen ergänzt werden. Dazu gehören Halluzinationen sowie Arzneimittelreaktion mit Eosinophilie und systemischen Symptomen (DRESS).