Eigentlich wollten die Apothekerkammern ein verpflichtendes Qualitätsmanagementsystem (QMS) für alle Apotheken. Das Bundesgesundheitsministerium (BMG) bleibt im Referentenentwurf bei dem Niveau aus den Eckpunkten: Nur Apotheken, die Defekturarzneimittel oder Sterilrezepturen herstellen oder maschinell verblistern müssen ein QM-System nachweisen.

Neben der regelmäßigen Selbstinspektion soll es eine externe Qualitätsprüfung geben - eine Zertifizierungspflicht gibt es nicht.